第9集:决战波塞冬
雅各布安排艾米丽戴上假发，坐在沙发中守株待兔。被关在另一个房间的莎拉已经看清楚，雅各布就是个思想偏激的疯子。雅各布承认为了占有莎拉，才把迈克尔派去也门。名义上是解救阿布·拉马尔，实际是让迈克尔去送死。莎拉坚信迈克尔会打败这个疯子，可她也不想坐以待毙。抱着最后的希望，她将从迈克尔那听到的事情都说了出来，包括雅各布杀害哈伦副局长，并栽赃迈克尔。在场的梵听到此言心中一惊，雅各布恼羞成怒，用胶带封住了莎拉的嘴，这更让梵起了疑心。随后雅各布假装离开，引迈克尔潜入窥探，艾米丽见迈克尔中计，举枪对准迈克尔。就在此时，梵挡在艾米丽面前。对于哈伦副局长的死，必须问清楚并将迈克尔交给联调局处理。艾米丽却执迷不悟，开枪射杀碍事的梵。迈克尔趁机抱起麦克逃进车库，让麦克先去找守在外面的林肯叔叔，他自己则堵住门。艾米丽正待冲进车库，被挣脱束缚的莎拉从背后打晕。但是从车库跑出来的迈克尔和莎拉远远看见麦克被折返回来的雅各布接上了车，再想追上去，已晚了一步。迈克尔拉着莎拉连忙跑到转弯处，这才发现林肯中弹倒在车里。幸好伤势虽重，却无性命之忧。将林肯送到医院，在警方赶来调查前，二人匆忙离开。雅各布将麦克带到了自己在大学的办公室，在那里，梭罗正在抓紧破解迈克尔身上纹身的秘密。为了稳住麦克，雅各布欺骗不知内情的麦克，谎称莎拉已经死亡。而杀死莎拉的凶手正是被通缉的恐怖份子卡尼尔·乌提斯。看着电脑屏幕上的通缉令，麦克相信了这些谎言。当迈克尔打来电话，要求雅各布交出麦克时，麦克反而对着电话，大声让迈克尔滚开。迈克尔没想到雅各布会对麦克进行洗脑，用谎言蒙蔽年幼的麦克。他决定反击，莎拉去医院确保林肯平安；已从密歇根湖带回鲜血的茶包哥和维普则去找另一张雅各布还不知道的王牌；迈克尔自己则要前往雅各布的老巢。这边迈克尔在安排行动，那边雅各布也在追踪迈克尔的手机。梭罗查出迈克尔的手机在郊外，不远处就是北纽约州动物园。那里是莎拉最喜欢带麦克去的地方，雅各布曾多次发现迈克尔躲在暗处看着自己的妻子和儿子。正当雅各布和艾米丽赶到动物园搜索迈克尔踪迹时，梭罗打来电话，迈克尔手掌上的眼睛纹身已经破解出来了，是拿破仑的名言“永远不要在敌人犯错时打断他们”。雅各布这才意识到中了调虎离山之计。此刻迈克尔正站在雅各布的办公室门外，纹身的秘密并不在手掌，而是在手背。只见他双手捂脸，手背上纹的雅各布脸型成功骗过了面部识别系统。迈克尔拿到了服务器上的硬盘，掌握了21真空组织的全部秘密，但雅各布手里有麦克，二人似乎都奈何不了对方。于是在电话里，迈克尔和雅各布约定次日下午五时在船坞见面。而莎拉在医院里并没有见到林肯。原来林肯执意出院，来到了卢卡的仓库。这一次他叫来了真正的缉毒组，为自己报了一箭之仇。虽然没见到林肯，莎拉却有意外收获。几乎同时被送到医院的梵就在重症监护室，他躺在病床上，喉咙被切开插着呼吸机。梵此刻已无法说话，他挣扎着拿起笔写下了安置麦克的地点。茶包哥和维普顺利的在汽车旅馆找到了迈克尔所说的王牌，“蓝色夏威夷人”。“夏威夷人”只是绰号，他最擅长的就是重建场景。迈克尔执行任务时，在监狱里认识了他。出于怜悯救他出狱，现在到了他发挥特长的时间。各人的任务都已完成，在老地方碰头时，林肯也来了。最后决战的时刻终于来临。次日，迈克尔与雅各布在船坞见面。雅各布有恃无恐，仍拒绝交出麦克。当迈克尔掏出枪后，艾米丽出现，迫使迈克尔将手枪交给了雅各布。哪知维普意外出现，可马上就被艾米丽射伤并缴械。躲在暗处的茶包哥见儿子受伤，一时紧张冲了出来。远处传来警笛声，雅各布事先通知联调局，前来抓捕恐怖份子卡尼尔·乌提斯。维普闻言心情激动，上前抢夺艾米丽手中的枪。可他忘了艾米丽手上还有把刚缴获的手枪，两声枪响，维普痛苦的倒在地上。为了不再让其他人受到伤害，迈克尔答应交出硬盘。见雅各布押着迈克尔去取硬盘，联调局的应急小队已经冲进船坞，茶包哥不顾一切的用机械手扭断艾米丽的脖子，为儿子报仇血恨。雅各布押着迈克尔走向船坞深处，迈克尔的手机响起。莎拉和林肯已根据梵所说的地点，在学院的另一处救出了麦克，还抓住了梭罗。雅各布自知大事不妙，索性要杀迈克尔灭口。只要迈克尔死了，就死无对证，也不会有人知道硬盘的下落。突然，远处传来应急小组的声音，迈克尔趁雅各布分神之际，逃进一个小门。雅各布追进小门，向迈克尔连开两枪。开枪后才发现，小门后是仿林间小屋的背景。他枪杀哈伦的情景被再现。再现情景只是迈克尔计划的一部分。迈克尔进入办公室不仅取走了硬盘，还将瓶中哈伦的鲜血抹在了办公室里，再加上硬盘里的证据和梭罗的口供，中情局破获了内部的反叛组织，也还给了迈克尔真实身份和自由。迈克尔、莎拉，还有林肯、希巴享受自由的阳光时，雅各布也面带笑容的住进了福克斯河监狱。他自信不会呆太长时间，可睡在上铺的茶包哥站在他面前时，雅各布脸上的笑容凝固了。
