第1集:特工意外传送地球惨遭毁灭
科尔森等人还在餐厅里用餐，一队士兵用时间静止技术把特工们定住后捉走。待科尔森与几位同伴恢复过来，出现在他们眼前便是一块白色巨石。这块巨石瞬间融化，把他们传送到一艘老旧的飞船上。但传送并不顺利，科尔森等人分散在这艘飞船的各个部位中。科尔森落地，发现周围物品因时间静止而浮在空中，而飞船房间的舷窗破了个大洞。过了几秒后，时间开始恢复正常，因内外压差缘故，飞船内的物品开始被吸出窗外，科尔森急忙拉住栏杆才没被吸走。房间内的两位陌生人启动紧急装置，把窗口上的洞堵住，一切才恢复原样。这两位陌生人看见科尔森意外地非常高兴，其中一位红衣陌生人不断叨念着科尔森是救世主，另一位却不断吵着要逃跑，而一脸迷茫的科尔森根本不知道发生了什么。好景不长，一位陌生人在开门途中被神秘生物捉走，科尔森与红衣陌生人急忙把门堵上。红衣陌生人解释刚刚的神秘生物是维罗尼辛，外号蟑螂，几年前突袭了这部飞船，而他们所在的这一层一直被封锁。红衣陌生人介绍自己名叫维吉尔，是神盾局的大粉丝，一直等着科尔森来拯救世界。但摸不着头脑的科尔森刚想了解更多这艘飞船的情况时，特工迈克从飞船别的地方赶来，误以为维吉尔是威胁科尔森的敌人，一拳把维吉尔打晕。埃琳娜此时也被传送至飞船的某处，刚落地的埃琳娜经过一番转折后与西蒙斯 相遇。眼尖的西蒙斯发现周围倒地的尸体体内并没有任何液体，像是被吸干一样。而迈克和科尔森此时也找到了埃琳娜与西蒙斯，四人终于相遇。与此同时，梅被传送到飞船更偏远的部位，且在传送过程中与钢管重合，导致一根钢管直接贯穿梅的大腿。梅咬紧牙关把钢管取出后，发现门外有异响，梅急忙躲起来。躲在暗处的梅发现有一位神秘人在收集地上尸体手臂上的物品，待神秘人走后，误以为安全的梅走出暗处，却被这位神秘人埋伏，两人厮打起来。但神秘人用磁力装置把梅擒获，在梅的右手强行装上名为生物表的装置。科尔森四人与维吉尔正准备进一步交谈时，维吉尔却被意外出现的蟑螂杀死，手无寸铁的四位特工只得逃忙，在弹尽粮绝之时，黛西出现并用超能力杀死蟑螂。在探索飞船过程中，科尔森在某房间内发现了梅的衣服，还在电脑上发现这艘飞船是用来采集太空中的水资源，且离地球不远，这就意味着只需找到工作用的拖曳船，飞过外面的陨石区后，即可向地球发送求救信号。但就在进一步讨论时，蓝脸克里人出现，把五人全部带走。科尔森、黛西与西蒙斯被关在牢房里，三人正讨论热烈时，梅与神秘人出现，神秘人成功说服看守的克里人，把众人带离牢房。神秘人自称迪克，虽然拯救了科尔森等人，但不愿参与到特工的逃亡计划中。迪克正想离开时，梅趁机用磁力装置留下迪克。科尔森决定留在这里审问迪克，黛西去援救迈克与埃琳娜，而西蒙斯与梅则去寻找拖曳船向地球求救。被困在冰库内的迈克与埃琳娜正遭到克里人折磨，及时赶到的黛西成功救下两人。黛西准备用电脑联络他人，却发现这艘飞船的地理坐标非常不对劲。而在迪克与科尔森交谈时，迪克发现科尔森的经历根本不属于这个时代，科尔森意识到自己并不止穿越空间，还穿越到了未来。寻找飞船的西蒙斯与梅寻找拖曳船途中发现这艘飞船不是人类的前哨站，而是克里人的入侵集结站。两人登上拖曳船，绕开外面的陨石区后，惊讶地发现太空中飘着各种残骸，而地球像被咬过的苹果般支离破碎，只剩三分之一漂浮在太空中。
