由于阿笠博士家的浴室出了故障，柯南随同小兰、灰原一同去大众浴池洗澡，期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜和神秘杀手近藤将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而…

许多年前，宇宙最大魔王弗利萨（中尾隆圣 配音）接连败在超级赛亚人之手，他的残党欲孽则流浪宇宙之中寻找那美克星人的新定居点，以期将弗利萨再度复活。几经周折，军队代理索尔贝（斋藤志郎 配音）利用地球的龙珠把弗利萨带回人间，而这…