美国FBI探员福克斯·穆德童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调…

本季始於X档案被终结，穆德与史卡利分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史卡利帮忙。由於演员姬莲安德森怀孕，製作人将剧情发展成史卡利被外星人绑架，消失了一阵子。当然，那时候我们的姬莲安德森跑去医…