末日世界，地球一片荒芜。杀手雷霆叛变了自己所在的邪恶组织“天狼舟”，决定为正义而战。他救下为给老大苍穹换心脏的少女小洁等四人逃离天狼舟。苍穹派出力霸、铁刹军团来到沙漠中一所废弃的钢铁城追杀雷霆，一场猎杀大战就此展开。

“天狼舟”杀手雷霆救走老大苍穹赖以换心续命的少女小洁，帮内顶级高手博士、银狐追杀而至。犹如荒漠孤岛的钢铁城中，生死决战一触即发，雷霆面对“铁甲狂猴”家族维护末世正义的使命，重新做出了选择......

剧情承接《铁甲狂猴之亡命雷霆》，雷霆击败力霸与铁刹之后，苍穹又派出了更为致命的博士与银狐来追杀雷霆，雷霆逐个击破。最终雷霆重新拾起铁甲狂猴的正义使命，与苍穹展开了最终大战。