第二部的剧情是接再第一部之后发展的，升上小学四年级的一小麻烦魔女们在“最后一次”到魔女世界去的时候，从盛开的花朵中看见了诞生的魔法婴儿。因为魔女世界里有一条规定：第一个看到魔法婴儿诞生的魔女就必须当她的母亲照顾她一年。 …

表面看来，藤原梦路（冈本信彦 配音）不过是一介平凡少年，然而，他却隐藏了一个不为人知的的秘密——每天夜晚，他都会遭到噩梦的纠缠，并且，梦路拥有能够预知他人梦境的特殊能力，能够通过观察人们周身所散发出的颜色来判断梦境，尽管…

一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。 　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，…

这是一个魔女与人类共存的世界，为了保证魔女的身份不被揭穿，被人类发现了真实身份的魔女都会变成魔女青蛙，唯有另一个拥有正式身份的魔女才能够解开魔法。一次偶然中，一直梦想者能够成为魔女的少女春风Doremi（千叶千惠巳 配音）撞破…