曾经有这四位凶神与八百万神灵的国家[实际是中国]，被封印在四方的山中的四凶神中的两神逃走后，八百万神灵也离开奔向世界各处。自此这个国度就被伟人们守护着。这个没有了神话的国度为了找回奔向各地的八百万神灵设立了一种职业——…

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。　　11岁的少年八神太一…

漩涡博人虽然身为木叶英雄漩涡鸣人的儿子，但博人却并没有因为这样而喜欢父亲，反而一心希望被鸣人否定并有着超越鸣人的想法，于是恳求身为父亲永远对手的宇智波佐助收他为徒，决心写出属于自己的新篇章，让父亲对他另眼相看。

　　花田一路，虽然只是一个小学三年级学生，却是村里远近闻名的小捣蛋鬼，性格属于天不怕地不怕，唯一弱点却是害怕幽灵，甚至不敢自己上厕所。一天，花田一路闯下大祸，把家里唯一的黑白电视机打坏了。为了躲避妈妈的追打，他骑着邻居的…

　　小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点…

　　在网路上，突然出现了一只数码蛋，这只蛋破壳后，出生了一只数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去…

　　拓也他们到了数码世界的一个浮起的岛，这个岛上的人型数码精灵和兽型是完全对立的，人型的数码精灵帮助了拓也、友树和纯平，而兽型的数码精灵则协助辉二和泉，拓也和辉二竟就此打起上来，后来因其它数码精灵哭了起来而停此。人型的剑…

　　2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消…