1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行…

世界知名画家松下庆山在自己的画室身亡，现场尸体被烧焦难辨，价值数十亿的画作也随大火付诸一炬。是自杀？他杀？风祭（椎名桔平饰）警部和其助手丽子（北川景子饰）虽仔细勘查，多方取证，也未能挖掘出真相。 　　回家后，丽子习惯性地…