小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突…

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出…