突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…

　　宇宙世纪0079年1月3日， 7时20分，吉翁公国向地球联邦政府宣战，以被外届称为“独眼巨人”的MS核心部队，在未遭遇算得上是妨害的妨害下，使用装备热核弹头的火箭炮，无差别地摧毁了各殖民地，此外，为了要屠杀殖民地内的全体居民，大…